La ville n'est pas accessible par la route. Le seul moyen de se rendre à Iquitos est par avion ou par bateau. Depuis Lima, il faut compter 1h30 de vol, depuis Tarapoto 50 minutes et depuis Pucallpa 1 heure. Les vols coûtent entre $55 USD et $200 USD. On peut également se rendre à Iquitos en bateau depuis n'importe quel port navigable du fleuve Amazone.

Oasis de Huacachina
Si vous n'avez pas votre propre véhicule, le meilleur moyen de vous rendre à Huacachina est de prendre le bus privé Peru Hop